Sebelumnya pengobatan preventif yang disebut profilaksis merupakan standar bagi orang-orang yang berisiko terhadap beberapa jenis infeksi oportunistik tertentu. Berbagai penelitian menunjukkan bahwa pengobatan dengan kombinasi HAART (Highly Active Anti-Retroviral Therapy) dapat meningkatkan jumlah sel CD4 dan memperbaiki fungsi kekebalan tubuh.

Anda dapat terinfeksi IO, dan "dites positif" untuk IO tersebut, walaupun anda tidak mengalami  penyakit tersebut. Misalnya, hampir setiap orang dengan HIV akan menerima hasil tes positif untuk sitomegalia (Cytomegalovirus atau CMV). Tetapi penyakit CMV itu sendiri jarang dapat berkembang kecuali bila jumlah CD4 turun di bawah 50, yang menandakan kerusakan parah terhadap sistem kekebalan.

Kandidiasis adalah infeksi oportunistik yang sangat umum pada orang dengan HIV. Infeksi ini disebabkan oleh sejenis jamur yang umum, yang disebut kandida. Jamur ini, semacam ragi, ditemukan di tubuh kebanyakan orang. Sistim kekebalan tubuh yang sehat dapat mengendalikan jamur ini. Jamur ini biasa menyebabkan penyakit pada mulut, tenggorokan dan vagina. Infeksi oportunistik ini dapat terjadi beberapa bulan atau tahun sebelum infeksi oportunistik lain yang lebih berat.

Virus sitomegalia (cytomegalovirus/CMV) adalah infeksi oportunistik. Virus ini sangat umum. Antara 50 persen sampai 85 persen masyarakat Amerika Serikat adalah CMV-positif waktu mereka berusia 40 tahun. Statistik untuk Indonesia belum diketahui. Sistem kekebalan tubuh yang sehat menahan virus ini agar tidak mengakibatkan penyakit.

Mycobacterium Avium Complex (MAC) adalah penyakit berat yang disebabkan oleh bakteri umum. MAC juga dikenal sebagai MAI (Mycobacterium Avium Intracellulare). Infeksi MAC bisa lokal (terbatas pada satu bagian tubuh) atau tersebar luas pada seluruh tubuh (DMAC). Infeksi MAC sering terjadi pada paru, usus, sumsum tulang, hati dan limpa.